質問の事例のように店舗用と居住用が一体となっている店舗併用住宅の買い換えで譲渡所得が発生し、その代わりに同類の店舗併用住宅に買い換えた場合で一定要件に該当したら、居住用の部分と店舗用の部分は下記のようになります。
1.居住用の部分:居住用の資産を買い換えた時の特例や居住用の資産の売却する時の3千万円の特別控除の特例の適用が受けられます。
2.店舗用の部分:事業用の資産を買い換えた時の特例の適用が受けられます。
また、居住用の部分と店舗用の部分のいずれか片側の用途の使用割合が建物の全体の9割を超えている場合は、その用途に全部が使用されていたものとして、それに対応する特例の適用も受けられます。