個人が、自分の居住用として使用している家屋とその敷地を売却して、一定要件に該当したら3千万円の特別控除の特例などがありますが、質問の事例のように店舗用と居住用が一体となっている店舗併用住宅もあります。
このような住宅の売却の際に3千万円の特別控除の適用対象になれるのは、店舗併用住宅のなかで売却をしている人自身の居住用として使用していた部分だけとなります。
その居住用の部分が全体の9割を超えていたら、9割の部分ではなく、全体を居住用として使っていたものとして特例の適用を受けることができます。
１． 家屋の中で居住用の部分は、以下の計算式で算出された面積相当の部分にします。
対象家屋の中で居住の用途だけに使用した部分の床面積（A）＋対象家屋の中で居住の用途の部分と居住以外の用途に併用されている部分の床面積（B）ｘA／（A＋対象家屋の中で居住の用途の部分以外の部分の床面積）
２． 家屋の七期の中で居住用として使用していた部分は、以下の計算式で算出された面積相当の部分にします。
土地などの中で居住の用途だけで使用した部分の面積＋土地などの中で居住用の部分とそれ以外の用途の部分とに併用されている部分の面積X家屋の面積の中で計算式によって計算された面積／家屋の床面積
